Les sources, nommées d'après trois évents adjacents visibles depuis la promenade, font partie de Kings Bay, un système de sources côtières rare où l'eau douce rencontre l'eau salée. Les protections fédérales instaurées en 1978 ont désigné la baie comme sanctuaire pour les lamantins, limitant l'activité humaine durant les mois de forte concentration. Au milieu des années 90, la baignade non réglementée et le trafic maritime menaçaient l'écosystème fragile des sources. En 2011, le U.S. Fish and Wildlife Service a imposé des restrictions d'accès saisonnières, interdisant tout contact dans l'eau lorsque le nombre de lamantins dépassait quinze animaux par source.
Le kayak transparent est apparu comme une solution à la pression écologique. Contrairement aux embarcations traditionnelles, les coques à fond clair permettent l'observation sans entrer dans la colonne d'eau, réduisant ainsi la perturbation des mammifères au repos et des lits de végétation submergés. Les tour-opérateurs ont adopté des embarcations à coque en polycarbonate en 2015, s'alignant sur les directives du sanctuaire qui privilégient l'observation passive. Les programmes de visite en kayak transparent à Crystal River Three Sisters Springs fonctionnent désormais toute l'année, bien que les sessions d'automne et d'hiver offrent la plus grande probabilité d'apercevoir des lamantins. La clarté des sources, dont la visibilité dépasse souvent 15 mètres, provient de la filtration par l'aquifère calcaire ; l'eau émergeant des cavernes souterraines a voyagé pendant des décennies à travers la roche poreuse, éliminant les sédiments et la matière organique.
Le système de promenade, achevé en 2016 pour un coût de 2,3 millions de dollars, a remplacé les sentiers au niveau du sol qui érodaient les berges et compactaient le sol autour des évents des sources. Des plateformes surélevées répartissent désormais le passage des visiteurs sur 550 mètres de platelage en composite recyclé, minimisant les dommages aux racines des cyprès chauves et des houx dahoon. Des panneaux interprétatifs détaillent l'hydrogéologie de l'aquifère de Floride, le plus grand système d'eaux souterraines karstiques d'Amérique du Nord. Les opérations de location de kayaks transparents à Three Sisters Springs partent d'un quai autorisé unique à l'extrémité du sentier, maintenant une limite quotidienne de 200 pagayeurs pour préserver la qualité de l'eau. Les visites en kayak transparent à Crystal River Three Sisters Springs et avec les lamantins suivent généralement le canal de sortie vers Kings Bay, où les herbiers de zostères submergés abritent des tortues caouannes et des bancs de mulets.
Le modèle de conservation du site a influencé la gestion des sources à l'échelle de l'État. Les protocoles des visites en kayak transparent à Three Sisters Springs et avec les lamantins — ne pas toucher, ne pas nourrir, distance minimale de deux mètres avec la faune — établissent la norme pour l'écotourisme à faible impact dans le réseau des sources de Floride. Le succès des stratégies d'observation passive à Three Sisters a inspiré les directives révisées d'approche des lamantins à Homosassa et Weeki Wachee, démontrant que l'accès des visiteurs et la protection des espèces peuvent coexister lorsque les infrastructures et les comportements sont soigneusement réglementés.
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